SDK Reference

See also: All Types | All Functions

​

data

• bioptimus.data.cohort
• bioptimus.data.multi_model.multi_model_dataset
• bioptimus.data.omics.bulkrna
• bioptimus.data.tile_spec
• bioptimus.data.wsi
• bioptimus.data.wsi.torch_dataset
• bioptimus.data.wsi.wsi_dataset

​

extraction

• bioptimus.extraction.wsi
• bioptimus.extraction.wsi.megatile_extraction
• bioptimus.extraction.wsi.tile_extraction
• bioptimus.extraction.wsi.types

​

inference

• bioptimus.inference
• bioptimus.inference.schemas
• bioptimus.inference.writers

​

io

• bioptimus.io.omics
• bioptimus.io.wsi
• bioptimus.io.wsi.factory
• bioptimus.io.wsi.interface
• bioptimus.io.wsi.metadata
• bioptimus.io.wsi.types

​

models

• bioptimus.models
• bioptimus.models.backbones
• bioptimus.models.clients
• bioptimus.models.clients.aws
• bioptimus.models.clients.http
• bioptimus.models.config_loader
• bioptimus.models.endpoint_model
• bioptimus.models.types

​

preprocess

• bioptimus.preprocess.omics
• bioptimus.preprocess.omics.base
• bioptimus.preprocess.omics.factory
• bioptimus.preprocess.omics.transforms
• bioptimus.preprocess.wsi
• bioptimus.preprocess.wsi.models.base
• bioptimus.preprocess.wsi.models.bioptimus_mask
• bioptimus.preprocess.wsi.provider.base
• bioptimus.preprocess.wsi.provider.precomputed
• bioptimus.preprocess.wsi.provider.tiled